В настоящее время, в связи с новой социально-экономической ситуацией в стране, необходимо по-новому подойти к вопросу охраны диких животных. Заказники, образованные по инициативе Главохоты РСФСР более 30 лет назад, не соответствуют современному состоянию популяций охотничьих животных и не охраняют должным образом виды, занесенные в Красные Книги Российской Федерации и Республики Алтай.
За последний период в Республике Алтай, кроме "Алтайского", созданы: "Катунский" государственный природный заповедник, зона покоя "Укок" и два Природных парка. Таким образом, общая площадь особо охраняемых природных территорий (ООПТ) составляет более 20% от всей территории Республики. Это во много раз превышает общепринятые нормы организации охраняемых территорий.
Кроме этого, в республике идет развитие мараловодства, как одного из высокодоходных видов животноводства, которое занимает площадь более 80 тыс. га территории Республики Алтай.
Ускоренными темпами расширяются парковые загоны, перекрывая традиционные миграционные пути диких животных, что приводит к необратимому экологическому бедствию на огороженных территориях из-за нарушения нормативных пределов содержания маралов на определенной пастбищной площади.
Мараловодство необходимо развивать в рамках экологической и экономической целесообразности, но не во вред другим отраслям сельского хозяйства и среде обитания диких животных.
Природоохранные организации не в состоянии обеспечить должный контроль над всеми особо охраняемыми природными территориями (ООПТ) в силу недостаточного финансирования, поэтому в современной ситуации основной задачей устойчивого развития Республики Алтай должны являться не запретительные меры и исключение значительных площадей охотугодий, ресурсов животного и растительного мира из экономики Республики Алтай, а их рациональное использование.
В первую очередь, необходимо определить участки, где обитают наиболее редкие виды, занесенные в Красную Книгу Российской Федерации, и расположены места концентрации зимовок и размножения. Осуществить создание и работу Фонда возрождения тигра в Республике Алтай.
Во вторую очередь, необходимо выяснить факторы, влияющие на динамику численности видов, нуждающихся в более строгой охране на особо охраняемых природных территориях.
В-третьих, наметить сеть охотничьих заказников, площадь которых не должна превышать 5% территории Республики Алтай. Заказники должны быть небольшими, что будет отражать точность и качество выбранной территории для охраны видов и позволит производить охрану с наименьшими людскими и финансовыми затратами.
Необходим постоянный мониторинг животного мира и гибкая схема создания заказников.
Намечается создать два государственных охотничьих заказника местного значения до 2005 года и один заказник федерального значения. Имеется заключение Западно-Сибирского отделения Всероссийского научно-исследовательского института охотничьего хозяйства и звероводства им. проф. Б.М.Житкова Российской Академии сельскохозяйственных наук на проект Охотуправления Республики Алтай "О реорганизации системы заказников в Республике Алтай" N 67 от 26.12.2000.