Система управления реализацией Программы определяется организационно-функциональной структурой Министерства.
Структурные подразделения Министерства, в соответствии с установленной компетенцией, обеспечивают реализацию программных мероприятий. Общую координацию и контроль реализации Программы осуществляет министр экономического развития и инвестиций Республики Алтай.
За каждым мероприятием Программы закрепляется ответственный за его реализацию отдел, который будет наделен необходимыми полномочиями, объемом ресурсов.
Ежеквартально, в течение 15 дней месяца, следующего за отчетным кварталом, каждый отдел представляет заместителю министра, курирующего соответствующую задачу, отчет о ходе и итогах реализации программных мероприятий.
Министерство с учетом финансовых средств, выделяемых на реализацию Программы, и предварительных результатов выполнения мероприятий Программы уточняет мероприятия, промежуточные сроки реализации и объемы их финансирования.
Выполнение мероприятий Программы осуществляется в рамках сметного финансирования, а также посредством заключения государственных контрактов в соответствии с Федеральным законом от 21.07.2005 N 94-ФЗ "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд".