Управление реализацией ВЦП осуществляется управлением здравоохранения, которое осуществляет контроль за деятельностью подведомственных учреждений, проводит оценку результативности реализации ВЦП, анализ причин невыполнения целевых индикаторов, организует экспертные проверки хода реализации отдельных мероприятий Программы, направляет отчеты о ходе выполнения ВЦП в министерство экономического развития Калужской области и в министерство финансов Калужской области в соответствии с установленными сроками.