Государственная программа реализуется в 2 этапа:
I этап - 2014 - 2015 годы;
II этап - 2016 - 2020 годы.
Необходимость реализации государственной программы в 2 этапа обусловлена тем, что к 1 января 2015 года вступит в силу большая часть основных положений Федерального закона "Об основах охраны здоровья граждан в Российской Федерации", что будет означать в целом завершение структурных реформ в здравоохранении, начатых в 2008 - 2009 годах. Таким образом, в 2015 году будут созданы необходимые материально-технические и правовые предпосылки для перехода ко второму этапу реализации государственной программы - этапу инновационного развития здравоохранения.