Внедрение программного бюджета наряду с изменением порядка составления, утверждения и исполнения бюджетов и системы бюджетной отчетности предполагает внедрение новых форм и видов государственного и муниципального финансового контроля.
Необходимо отказаться от практики принятия решений по отдельным объектам, узким направлениям и перейти к системной оценке влияния бюджетных расходов на достижение целей государственных (муниципальных) программ. Таким образом, государственные (муниципальные) программы должны стать ключевым механизмом, с помощью которого увязывается стратегическое и бюджетное планирование.
В то же время при реализации Программы необходимо исходить из того, что сам по себе программный бюджет создает лишь необходимые предпосылки для полномасштабного внедрения программно-целевых методов деятельности органов исполнительной власти. Эффективность программного бюджета как одного из инструментов реализации государственной и муниципальной политики будет определяться результатами комплексной реформы государственного и муниципального управления.