К негативным факторам, влияющим на развитие города Обнинска, относится падение уровня инженерного образования (характерно для страны в целом; в последние годы ситуация начинает улучшаться), сокращение числа вузов, сокращение числа бюджетных мест для магистратуры, закрытие аспирантур в ведущих НИИ города, повышение среднего возраста научных сотрудников, старение кадров, задействованных в научно-технической и инновационной сферах, при общем росте населения, старение коренного населения (как группы, сохраняющей идентичность города) при росте рождаемости среди мигрантов.
В процессе работы над Стратегией были выявлены следующие ключевые проблемы, которые предстоит решить для эффективного развития города Обнинска:
1. Уровень внедрения, коммерциализации результатов исследований и разработок является недостаточным. Это касается среди прочего таких направлений, которые могли бы оказать непосредственное влияние на качество жизни горожан. Имеет место недостаточный уровень координации деятельности ключевых предприятий города Обнинска друг с другом. Наукоемкие производства в городе Обнинске слабо связаны. Отмечается недостаток ресурсов в области инновационного отраслевого менеджмента, дефицит сервисов для высокотехнологичного малого и среднего бизнеса (ориентированных на привлечение финансирования). Не хватает образовательных программ в области инновационного менеджмента.
2. Город Обнинск испытывает недостаток возможностей для экстенсивного развития. Важным фактором является нехватка территорий для нового строительства, в том числе в интересах высокотехнологичного производства.
3. Для общего образования и в ряде случаев профессионального образования характерны фрагментарные связи с научно-технологической сферой (в том числе инновационным бизнесом), отсутствие сетевой структуры, обеспечивающей такие связи. Отмечается незначительный "инженерный выход" общего образования, незаинтересованность руководителей некоторых образовательных организаций в вовлечении учеников в научную работу.
4. В городе Обнинске ощущается нехватка городских площадок для проведения крупных, в том числе международных, мероприятий в научно-технической сфере, культурных и выставочных мероприятий.
В городе Обнинске отсутствует объединенный бизнес-центр. Большинство крупных площадок расположены разрозненно, находятся за пределами города Обнинска.
Перечисленные вызовы и барьеры дают все основания для дальнейшего развития города Обнинска по так называемому "инерционному сценарию", который в основном ориентирован на обеспечение жизнедеятельности города в качестве "спального района" бурно развивающихся промышленных площадок севера Калужской области, а также новых территорий, присоединенных к Москве.