В соответствии со Стратегией в городе Ярославле осуществляется реализация 26 муниципальных программ.
1. "Благоустройство дворовых территорий города Ярославля".
2. "Благоустройство и озеленение территории города Ярославля".
3. "Снижение антропогенного воздействия на окружающую среду города Ярославля".
4. "Энергоэффективность и развитие энергетики".
5. "Повышение безопасности дорожного движения в городе Ярославле".
6. "Развитие транспортной системы города Ярославля".
7. "Обеспечение сохранности автомобильных дорог города Ярославля".
8. "Социальная поддержка жителей города Ярославля в сфере ипотечного жилищного кредитования".
9. "Переселение граждан, проживающих на территории города Ярославля, из аварийного жилищного фонда".
10. "Обеспечение жильем молодых семей в городе Ярославле".
11. "Декоративно-художественное оформление городской среды Ярославля".
12. "Содействие развитию малого и среднего предпринимательства в городе Ярославле".
13. "Развитие туризма в городе Ярославле".
14. "Молодежь Ярославля".
15. "Развитие культуры в городе Ярославле".
16. "Развитие образования в городе Ярославле".
17. "Развитие физической культуры и спорта в городе Ярославле".
18. "Доступная среда в городе Ярославле".
19. "Социальная поддержка жителей города Ярославля".
20. "О поддержке социально ориентированных некоммерческих организаций в городе Ярославле".
21. "Организация отдыха детей и их оздоровления в городе Ярославле".
22. "Профилактика правонарушений".
23. "Развитие муниципальной службы и межмуниципальных международных связей в системе городского самоуправления".
24. "Создание единого информационного пространства".
25. "Управление муниципальными финансами города Ярославля".
26. "Защита населения и территорий города Ярославля от чрезвычайных ситуаций, обеспечение пожарной безопасности и безопасности людей на водных объектах".
При необходимости в соответствии с приоритетными стратегическими направлениями и задачами Стратегии в муниципальные программы могут быть внесены корректировки. Кроме этого, в рамках реализации плана мероприятий по реализации Стратегии возможно уточнение перечня муниципальных программ и разработка ряда новых муниципальных программ.