Программа включает в себя следующие подпрограммы:
Подпрограмма 1 "Поддержка и развитие малого и среднего предпринимательства в Карачаево-Черкесской Республике на 2017 - 2020 годы";
Подпрограмма 2 "Создание благоприятных условий для привлечения инвестиций в Карачаево-Черкесскую Республику на период до 2020 года";
Подпрограмма 3 "Обеспечение условий реализации государственной программы".