Министерство осуществляет следующие функции:
4.1. В области комплексных задач:
4.1.1. Участие в разработке законодательных и иных нормативных правовых актов в области здравоохранения в пределах своей компетенции.
4.1.2. Участие в разработке программ социального развития республики в сфере здравоохранения.
4.1.3. Разработка и утверждение административных регламентов исполнения государственных функций и административных регламентов предоставления государственных услуг в установленных сферах деятельности.
4.1.4. Подготовка и издание ежегодного доклада Правительству Республики Саха (Якутия) о деятельности в области охраны здоровья граждан, состоянии здоровья населения в республике.
4.1.5. Мониторинг исполнения федерального и республиканского законодательства в сфере здравоохранения, координация нормотворческой деятельности в сфере здравоохранения.
4.1.6. Организация мониторинга федерального законодательства, проведение ревизии принятых нормативных актов в сфере здравоохранения на предмет их соответствия вновь принятым нормативным правовым актам.
4.1.7. Экспертиза проектов государственных и иных программ, затрагивающих вопросы охраны здоровья, входящие в компетенцию Министерства.
4.1.8. Проведение антикоррупционной экспертизы ведомственных нормативных актов, а также их проектов.
4.1.9. Осуществление текущего и перспективного планирования бюджетных расходов в сфере здравоохранения, разработка предложений по совершенствованию организационно-экономического механизма функционирования системы здравоохранения в республике.
4.1.10. Экономическое планирование и прогнозирование потребности в финансовых ресурсах, необходимых для реализации планов развития системы медицинского и лекарственного обеспечения населения, материально-технической базы государственной системы здравоохранения, составление социально-экономического прогноза.
4.1.11. Осуществление функций главного распорядителя и получателя средств государственного бюджета Республики Саха (Якутия), предусмотренных на содержание Министерства и подведомственных ему организаций, согласование организационной структуры, штатного расписания, сметы доходов и расходов подведомственных организаций.
4.1.12. Осуществление функций администратора доходов бюджета по начислению, учету и контролю за правильностью исчисления, полнотой и своевременностью уплаты платежей в государственный бюджет республики, пеней и штрафов по ним, взысканию задолженности по платежам в бюджет республики, пеней и штрафов, принятию решения о возврате излишне уплаченных (взысканных) платежей в государственный бюджет республики, пеней и штрафов.