3.1. Координация деятельности МБС осуществляется Министерством охраны природы Республики Саха (Якутия), руководство - директором станции, назначаемым на должность и освобождаемым от нее Министерством охраны природы Республики Саха (Якутия) по согласованию с органами местного самоуправления.
3.2. Структура штата, планы работ, смета расходов и отчетность МБС утверждаются Министерством охраны природы Республики Саха (Якутия).
3.3. Директор МБС несет персональную ответственность за деятельность станции, имеет право приема и увольнения сотрудников в пределах утвержденного штатного расписания и закона.
3.4. Директор МБС имеет право заключения временных трудовых соглашений и договоров на производство научно-исследовательских работ и работ по обеспечению жизнедеятельности станции, развитию ее материально-технической, хозяйственной и бытовой базы.
3.5. Для соблюдения охранного режима и обеспечения безопасности проживания и работы на МБС, вследствие расположения ее на территории Государственного заповедника "Усть-Ленский" и труднодоступности, дирекция имеет право устанавливать внутренний распорядок и правила поведения. Для штатных сотрудников устанавливается ненормированный рабочий день.
3.6. Международную научно-исследовательскую, природоохранную и просветительскую деятельность МБС координирует Попечительский Совет МБС. Членами Совета являются представители Министерства охраны окружающей среды и природных ресурсов Российской Федерации, Министерства охраны природы Республики Саха (Якутия), Секретариата Северного Форума в г. Якутске, администрации Булунского улуса, Государственного заповедника "Усть-Ленский" (директор), МБС "Лена-Норденшельд" (научный руководитель), Якутского научного центра СО РАН (Якутский институт биологии), WWF и Шведского Полярного общества.
3.7. Попечительский совет определяет основные направления научных исследований МБС, оказывает ей материальную и методологическую помощь, распространяет информацию о деятельности станции.
3.8. Научно-исследовательская и производственная деятельность на МБС проводится:
штатными сотрудниками по планам НИР;
научно-исследовательскими учреждениями и учебными заведениями Республики Саха (Якутия), Российской Федерации и других государств;
сотрудниками, работающими по контрактам, договорам и трудовым соглашениям.
3.9. Основным документом, отражающим научно-исследовательскую деятельность МБС, является годовой отчет, представляемый Министерству охраны природы Республики Саха (Якутия) и Попечительскому Совету до 1 мая следующего года.
3.10. Научно-исследовательские учреждения, экспедиции и лица, проводящие научно-исследовательские работы по контрактам, обязаны представлять подробные отчеты дирекции МБС в соответствии со сроками, утвержденными в договорах и программах научно-исследовательских работ.
3.11. Финансово-хозяйственная деятельность МБС осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Республики Саха (Якутия).
3.12. В целях наиболее полной реализации поставленных задач МБС имеет право:
проведения научно-исследовательских работ по всей территории арктического сектора Республики Саха (Якутия);
на международное сотрудничество в пределах установленной компетенции;
организации и проведения экспедиций, научного и экологического туризма;
проведения работ по поддержанию численности и реакклиматизации редких и исчезающих видов растений и животных, восстановлению естественного состояния нарушенных природных объектов;
разработки нормативов оплаты и использования материально-технической базы, научного потенциала станции, естественных природных объектов для научно-исследовательских, познавательных и эстетических целей;
создания и развития собственной материально-технической, производственной и бытовой базы;
создания сети отдельных стационаров, лабораторий, пунктов наблюдений и других объектов научного и хозяйственного назначения;
использования средств, полученных от научной, природоохранной, просветительской и иной деятельности, научного и экологического туризма, а также в порядке безвозмездной помощи от предприятий, граждан и их объединений, международных, иностранных организаций и частных лиц на развитие МБС и поддержку ее научного и хозяйственного потенциала.
3.13 Реорганизация и ликвидация МБС производится в соответствии с законами Российской Федерации и Республики Саха (Якутия).