Координатором государственных заказчиков, возглавляющим управление реализацией Программы, является Министерство труда и социальной защиты населения Республики Саха (Якутия). Оперативное управление Программой (исполнительские функции) осуществляет Комитет по труду и занятости населения Республики Саха (Якутия).
Финансирование Программы за счет средств республиканского бюджета осуществляется исходя из бюджетной заявки на очередной финансовый год, представленной государственным заказчиком и принятой с учетом возможностей бюджета, потребностей Программы и необходимости продолжения ранее начатых работ.
Объемы бюджетного финансирования конкретных работ в рамках Программы определяются государственными контрактами (договорами), заключаемыми Министерством труда и социальной защиты населения Республики Саха (Якутия) с организациями-исполнителями в соответствии с установленным порядком.
Министерство труда и социальной защиты населения заключает также государственный контракт с Фондом государственного социального страхования, подтверждающий объем и сроки финансирования Фондом мероприятий, и сообщает об этом в Министерство финансов Республики Саха (Якутия) и Министерство экономики и прогнозирования Республики Саха (Якутия). Государственный контракт является основным документом, определяющим права и обязанности сторон по финансовому обеспечению и выполнению заданий Программы.
Министерство труда и социальной защиты населения Республики Саха (Якутия) ежегодно, до 1 февраля, представляет в Министерство экономики и прогнозирования и Министерство финансов Республики Саха (Якутия) информацию о ходе работ по Программе и об эффективности использования финансовых средств.
Отчеты о ходе выполнения Программы ежегодно заслушиваются на заседаниях Межведомственной комиссии по охране труда, республиканской трехсторонней комиссии по регулировании социально-трудовых отношений.