ОАО ЛОРП имеет 6 филиалов (Пеледуйский ССРЗ, Жатайский ССРЗ, Олекминский и Белогорский речные порты, Осетровский филиал и Производственно-техническое управление связи и радионавигации), 4 представительства (Московское, Тиксинское, пристань "Ленск" и Усть-Кутская база снабжения), а также 6 дочерних обществ (ООО), 100% уставного капитала, которые принадлежат пароходству. Зависимыми обществами по отношению к ОАО ЛОРП являются:
ОАО "Якутский речной порт" (компания владеет акциями в размере 20,4% от уставного капитала);
ОАО "Янское речное пароходство" (компания владеет акциями в размере 25,54% от уставного капитала).