Основной целью совершенствования структуры управления является создание единой системы речного транспорта путем преобразования ОАО ЛОРП в холдинговую компанию. До 2001 года с этой целью необходимо создать холдинговую компанию по приведенной ниже схеме, для создания которой необходима реализации следующих мероприятий:
выделение в дочерние предприятия Белогорского речного, порта, Олекминского речного порта со стопроцентной долей ОАО ЛОРП от уставного капитала;
преобразование ОАО "Янское речное пароходство", ОАО "Хандыгский речной порт" в дочерние предприятия ОАО ЛОРП с целью создания транспортной системы речного транспорта в республике;
более полное использование возможностей ОАО ЛОРП, владеющего 20,4% акций ОАО "Якутский речной порт", в управлении данным предприятием также с целью создания единой транспортной системы речного транспорта в республике (Якутский транспортный узел).
Конечной целью является обособление флота в судоходную компанию и преобразование оставшихся подразделений (Жатайский и Пеледуйский заводы) в дочерние предприятия (2001 - 2002 г.г.).