Управление реализацией Программы осуществляется Министерством жилищно-коммунального хозяйства Республики Саха (Якутия).
Ежеквартально на заседаниях коллегии совместно с исполнителями Программы решаются вопросы о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств.
Министерство жилищно-коммунального хозяйства Республики Саха (Якутия), в свою очередь, в установленном порядке представляет отчет об эффективности целевого использования финансовых средств и о ходе реализации Программы в Министерство экономики и прогнозирования Республики Саха (Якутия) и Министерство финансов Республики Саха (Якутия).