Информационная подсистема представляет собой основу информационных ресурсов ЕКИТС. Информационная подсистема является распределенной и включает серверы приложений, WEB-сервер, файловое хранилище и систему резервного копирования и архивирования, размещенные в центральном офисе, а также серверы приложений в удаленных филиалах - финансово-казначейских управлениях в улусах.
Информационная подсистема позволяет построить на своей основе все требующиеся информационные ресурсы ЕКИТС - системы документооборота, делопроизводства, контроля исполнения, автоматизированные системы мониторинга, анализа и прогнозирования доходов и расходов Государственного бюджета РС(Я) и другие прикладные задачи.