Основными источниками финансирования указанных республиканских и муниципальных программ будут являться государственный бюджет Республики Саха (Якутия), бюджеты органов местного самоуправления и внебюджетные источники. Также предполагается развитие сотрудничества с промышленными предприятиями, производящими свою деятельность вблизи особо охраняемых природных территорий, взаимодействие с которыми может регулироваться договорами и соглашениями, заключаемыми в установленном законом порядке.