Приоритет природоохранной цели. Приоритет сохранения природных комплексов, биоразнообразия и объектов природного и связанного с ним культурного наследия над иными задачами ООПТ. Это концептуальная основа существования системы ООПТ республики.
Бюджетное и внебюджетное финансирование. Средства государственного бюджета должны обеспечивать реализацию целей и задач ООПТ, что является базовым принципом их существования в развитых странах мира. Материально-техническая база ООПТ и проведение природоохранных мероприятий финансируются в рамках подпрограммы "Развитие системы особо охраняемых природных территорий Республики Саха (Якутия)" республиканской целевой программы "Охрана окружающей среды Республики Саха (Якутия)". В процессе реализации Концепции планируется создать механизм привлечения дополнительных инвестиций в программы ООПТ, в том числе ориентированных на устойчивое развитие экологического туризма, а также за счет международных проектов.
Научная обоснованность. Принятие управленческих решений в области ООПТ на основе научных исследований, мониторинга и оценок эффективности деятельности отдельных ООПТ и системы в целом.
Интеграция с интересами общества. Усиление вклада в устойчивое развитие на местном и региональном уровне, учет социально-экономических факторов и интересов всех причастных сторон. Взаимодействие всех заинтересованных ведомств и иных секторов общества.
Принцип проектирования объектов и необходимой инфраструктуры экологического туризма, позволяющий гармонично вписывать их в природную и культурную среду.