Экстремальные природно-климатические условия, повсеместное наличие вечной мерзлоты обусловливают сезонную зависимость, в т.ч. увеличение сроков производства, сокращение сроков эксплуатации, значительное удорожание затрат в капитальном строительстве, жилищно-коммунальном хозяйстве, ограниченные возможности сельскохозяйственного производства.
Сырьевая экспортно-ориентированная модель экономики: доля промышленного производства в структуре ВРП составляет более 52%, более 80% объема промышленного производства приходится на добычу полезных ископаемых.
Неразвитость транспортной инфраструктуры. Только 8,7% территории имеет круглогодичную транспортную доступность, где проживает 16% населения республики. Из 586 сельских населенных пунктов только 322 (55%) имеют связь по дорогам с твердым покрытием с сетью дорог общего пользования. Дороги с сезонной эксплуатацией, низкой грузоподъемностью и ограниченной пропускной способностью составляют 92%. Велика протяженность внутренних водных путей - 16,5 тыс. км, при этом гарантированной глубиной для судоходства обладают не более 50% водных путей.
Технологическая изолированность энергосистемы республики от единой энергетической системы России. Значительным является износ объектов электроэнергетики и составляет 66%. Тарифы на электроэнергию в зоне локальной энергетики достигают до 219 руб./кВт.ч, средняя стоимость составляет 35,36 руб./кВт.ч. Энергоемкость ВРП в Республике Саха (Якутия) составляет 96,51 кг у.т./на 10 тыс. рублей и занимает 2 место в Дальневосточном федеральном округе, и 5 место по России.
Неразвитость инженерной и социальной инфраструктуры, наличие значительной доли ветхого и аварийного жилья (16,6% на конец 2015 года) и изношенных коммунальных сетей (износ 52% на начало 2015 году).
Очаговый характер расселения с низкой плотностью населения. Продолжающийся миграционный отток. С 1990 года рост численности населения республики за счет внешней миграции прекратился и начался отток населения. За 25 лет общая убыль населения за счет миграционного оттока составила 313,0 тыс. человек. В этот же период для республики стало характерной внутренняя миграция из сельской территории в города, которая затрагивает почти все улусы РС(Я). Отмечается высокая доля бедного населения: 18,9% против 13,3% по РФ.
Углубление пространственного дисбаланса, дифференциация социально-экономического развития муниципальных образований. На промышленные районы (Алданский, Ленский, Нерюнгринский, Нюрбинский, Оймяконский, Мирнинский) и город Якутск приходится 92% отгруженной продукции и выполненных работ. На арктические и северные районы приходится лишь 3%. Наблюдаются дисбаланс в экономическом развитии, значительный разрыв между арктическими районами и остальными районами республики по уровню социально-экономического развития.
Около 35% населения проживает в сельской местности, при этом происходит отток населения из сельской местности, обусловленный недостаточностью развития социальной, транспортной, информационной инфраструктуры в сельских районах, что может привести к росту расходов бюджетов на содержание инфраструктуры данных населенных пунктов. Низкое качество среды жизни: централизованным отоплением обеспечено 25,5% жилого фонда сельской местности, водопроводом - 6,4%, жилищного фонда, канализацией - 7,7%, уровень газификации 21,3%.
Вся территория Республики Саха (Якутия) находится в зоне рискованного земледелия, товарное растениеводство возможно лишь в ее южных районах, посевная площадь которых занимает 49,7% от всей посевной площади по республике.
Дисбаланс концентрации трудовых ресурсов в отраслях с низкой добавленной стоимостью и инвестиций. Доля занятых в сельском хозяйстве, жилищно-коммунальном хозяйстве, бюджетной сфере составляет 52,1%.
Недостаточный уровень менеджмента, неэффективность существующей системы управления.
Отсутствие телекоммуникационной инфраструктуры в большой части населенных пунктов Республики Саха (Якутия), высокие тарифы на услуги доступа в Интернет, отсутствие безлимитных тарифных планов, что делает услугу практически недоступной для населения.