В процессе реализации стратегии университета формируется адекватная система управления, при этом решаются следующие задачи:
- оптимизация, разграничение функций и ответственности управленческих звеньев системы;
- широкое использование проектных форм организации работ наряду со стабильными структурами. Реализация концепции предпринимательского университета, основанной на внутривузовской автономии, распространении и утверждении в коллективе предпринимательских убеждений и ценностей, сформированной на распределенной инфраструктуре университета и сильном центральном административном ядре;
- повышение профессионализма университетского менеджмента всех уровней;
- дальнейшая демократизация основ управления, повышение роли ученого совета университета в определении приоритетных направлений науки и образования, а также централизованных инвестиций. Поддержка автономии факультетов при повышении уровня их ответственности за принимаемые решения и результаты работы;
- обеспечение организационно-экономической целостности и единства университета;
- создание устойчивой многоканальной системы финансирования, диверсификация внебюджетных источников развития и повышение эффективности их использования. Совершенствование механизма определения приоритетов в распределении и использовании финансовых ресурсов, формирование финансовых резервов для решения стратегических задач университета;
- формирование сбалансированной системы показателей, характеризующих эффективность деятельности, основанной на каскадировании стратегических целей развития университета по уровням иерархии управления и определении для каждой цели соответствующих показателей и критериев оценки степени успешности достижения этих целей;
- создание системы мотивации деятельности, в том числе дифференцированной системы оплаты труда преподавателей и сотрудников и материальной поддержки студентов и аспирантов, обеспечивающей, с одной стороны, достижение запланированных высоких результатов, а с другой - достойные условия труда и его оплаты;
- совершенствование систем информатизации управления деятельностью университета и всех его подразделений.