Основными задачами являются:
2.1. Сбор и анализ данных о редких и находящихся под угрозой исчезновения видах растений, животных и других организмов, занесенных и рекомендованных к занесению в Красную книгу Республики Хакасия.
2.2. Подготовка предложений по занесению (или исключению из нее) видов растений, животных и других организмов.
2.3. Подготовка к изданию, содействие изданию и распространение Красной книги Республики Хакасия и приложений к ней.
2.4. Научно-консультативная координация и организация мониторинга состояния популяций видов, занесенных в Красную книгу Республики Хакасия.
2.5. Подготовка предложений по организации научных исследований (в том числе проведение учетов) и специальным мерам охраны, включая организацию специализированных особо охраняемых природных территорий и создание генетических банков данных с целью сохранения генофонда видов растений, животных и других организмов, занесенных в Красную книгу Республики Хакасия.
2.6. Рецензирование программ исследовательских и научно-практических работ с редкими видами растений, животных и других организмов.
2.7. Подготовка предложений для установления региональных такс за ущерб, наносимый редким и находящимся под угрозой исчезновения растениям, животным и другим организмам Республики Хакасия.
2.8. Участие в оценке ущерба редким и находящимся под угрозой исчезновения растениям, животным и другим организмам Республики Хакасия совместно с правоохранительными органами.
2.9. Подготовка предложений для разработки программ по реинтродукции растений, животных и других организмов на территории Республики Хакасия.