5.1. Агентство возглавляет руководитель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности распоряжением Губернатора области.
5.2. Агентство имеет структурные подразделения: отделы, аппараты мировых судей.
5.3. Руководитель агентства:
5.3.1. Руководит агентством, организует и контролирует его деятельность, действуя на принципах единоначалия.
5.3.2. Определяет организационно-штатную структуру агентства, утверждает штатное расписание и бюджетную смету агентства в пределах утвержденных бюджетных ассигнований. Утверждает штатное расписание аппарата мирового судьи в составе штатного расписания агентства. Утверждает структуру аппарата мирового судьи и положение о нем.
5.3.3. Решает кадровые вопросы агентства.
5.3.4. Обеспечивает безопасность условий и охрану труда работников агентства.
5.3.5. Действует без доверенности от имени агентства, представляет его интересы в органах государственной власти и органах местного самоуправления, административных, правоохранительных и судебных органах, коммерческих и некоммерческих организациях.
5.3.6. Выдает доверенности по вопросам, связанным с полномочием агентства.
5.3.7. Издает исполнительно-распорядительные акты в форме приказов агентства, осуществляет контроль за их исполнением.
5.3.8. Образовывает комиссии, советы, коллегии, рабочие группы и иные совещательные и коллегиальные органы для решения вопросов, связанных с полномочием агентства, и утверждает положения о них.
5.3.9. Обеспечивает результативность, адресность и целевой характер использования бюджетных средств в соответствии с утвержденными агентству бюджетными ассигнованиями и лимитами бюджетных обязательств.
5.3.10. Обеспечивает соблюдение финансовой и учетной дисциплины.
5.3.11. Подписывает от лица агентства государственные контракты, договоры, соглашения, другие документы гражданско-правового характера, а также иные документы в пределах установленного полномочия.