При реализации подпрограммы возможно возникновение рисков, которые могут препятствовать достижению запланированных результатов. Риски могут быть связаны с финансированием подпрограммы за счет средств бюджета не в полном объеме, а также в связи с внесением изменений в бюджетное и налоговое законодательство. Решение данного вопроса возможно путем внесения изменений в подпрограмму и корректировки программных мероприятий.