В силу природных особенностей формирования подземных вод и исторически сложившейся интенсивной хозяйственной деятельности подземные воды практически единственного доступного для водоснабжения по технико-экономическим показателям мело-мергельного водоносного горизонта на значительной части водозаборов не соответствуют нормативам питьевой воды. Прежде всего это несоответствие выражается в природных повышенных концентрациях железа, солей жесткости, часто сероводорода и показателях органо-лептического характера и сопровождается повышенными концентрациями ряда других веществ.
По ряду источников вода характеризуется повышенной относительно фона радиоактивностью, а на отдельных водозаборах общая радиоактивность и содержание отдельных радионуклидов превышают предельно-допустимые концентрации для питьевой воды.
Наиболее неблагоприятно обстоят дела с состоянием источников водоснабжения городов Белгород, Старый Оскол, Алексеевка, Валуйки и районных центров поселков Борисовка и Чернянка.