На территории Республики Марий Эл по р. Волге эксплуатируются два водохранилища - Чебоксарское и Куйбышевское, площадью соответственно 60,4 тыс. га и 7,8 тыс. га, что составляет 50% и 1,3% от общей площади водохранилищ.
В связи с неполной готовностью зоны затопления и незавершенными работами по защите земель и населенных пунктов директивными органами по соглашению с субъектами Российской Федерации было решено заполнить в 1981 году Чебоксарское водохранилище на 2 - 3 года до промежуточной отметки 63,0 м. Однако по ряду причин Чебоксарский гидроузел в течение 25 лет продолжает работать при промежуточной отметке 63,0 м в неустойчивом режиме. Строительство ни одного из 19 объектов инженерных защит в зоне Чебоксарского водохранилища полностью не завершено (в том числе и для отметки 63,0 м), Чебоксарский гидроузел не сдан в постоянную эксплуатацию, а финансирование работ по обустройству зоны водохранилища прекращено.
Наполнение Чебоксарского водохранилища до отметки 63,0 м привело к затоплению 43,6 тыс. га высокопродуктивных земель в Республике Марий Эл, в том числе 18,9 тыс. га сельхозугодий, 22,9 тыс. га лесов. Вследствие подтопления переведено в другие угодья более 400 га пашни, в результате усилившейся эрозии и переработки берегов потеряно около 500 га сельхозугодий.
С момента заполнения Чебоксарское водохранилище продолжает оказывать негативное воздействие на компоненты природного комплекса за счет подтопления территорий, берегопереработки, накопления в донных отложениях токсичных веществ - источников вторичного загрязнения воды водохранилища, образования мелководий и связанного с этим развития сине-зеленых водорослей.
В зоне влияния водохранилища продолжают иметь место заболачивание, усыхание и гибель прибрежных лесов. Активизировались очаги корневой губки, где одновременно развиваются стволовые и корневые вредители. Согласно статистической отчетности Волжского лесхоза только здесь площадь очагов корневой губки составила 263,8 га, увеличилась она и в Руткинском лесхозе. Болота занимают 3767 га. Площади болотных черноолынанников в лесхозе увеличились с 1336 га в 1983 году до 2166 га в 1997 году, что свидетельствует о явном факте подтопления. Средний прирост лесов уменьшился на 0,1 м3/га, а доля влажных и мокрых типов леса только за 10 лет при существующем уровне водохранилища увеличилась на 30,4%. Отмечено уменьшение численности охотничьей фауны - лосей, глухарей, тетеревов, медведя и др. Ухудшилось санитарное состояние островных лесов, где выявлено увеличение буреломных деревьев до 40 - 50 м3/га. Руткинский лесхоз не может произвести санитарную рубку ввиду сложности транспортировки древесины по мелководью между выступающих из-под воды пней. В островных лесах уже сформировались лиственные насаждения высотой до 5 м.
Усиливаются оползневые и эрозионные процессы, особенно на северо-западном склоне у г. Козьмодемьянска, в районе кладбища у дер. Юлъялы, заповедного лесного массива Бардицкий бор у пгт Юрино. Под угрозой подмыва оказалась уникальная церковь Рождества Пресвятой Богородицы постройки XVIII века у с. Сумки (табл. 1.33).