Водохозяйственный фонд Республики Марий Эл составляет 476 рек и ручьев общей протяженностью около 7 тыс. км, 689 озер общей площадью 2,5 тыс. га, 182 пруда и водохранилищ комплексного назначения с общим объемом воды 97,6 млн. м3, участки Чебоксарского и Куйбышевского водохранилищ на р. Волге площадью соответственно 60 тыс. га и 7,8 тыс. га.
Речная сеть республики состоит из 19 бассейнов, включающих 169 рек протяженностью 10 км и более, общая водосборная площадь составляет 23,3 тыс. км2. Из них 14 речных бассейнов относятся к р. Волге, остальные к р. Вятке. Водосборная площадь соответственно составляет 19,1 тыс. кв. км, или 82%, и 4,2 тыс. кв. км, или 18%. Наиболее крупные реки, протекающие по территории республики, - р. Волга протяженностью 155 км и ее притоки: правые - р. Ветлуга, р. Большая Кокшага и р. Малая Кокшага, р. Илеть, р. Рутка; левый - р. Сура. Среднемноголетние ресурсы речного стока Республики Марий Эл составляют 123,8 км3/год, в том числе местный сток 4,5 км3/год, на 1 человека соответственно 163,6 тыс. м3/год и 5,9 тыс. м3/год.
Основными загрязняющими веществами водных объектов республики являются железо, марганец, медь, а также легкоокисляемые органические вещества по БПК5, нитриты, фенолы и нефтепродукты.
Преобладающую часть Республики Марий Эл составляет Марийская низменность, где многие реки протекают по заболоченным лесам. Поэтому основными загрязняющими веществами рек республики являются железо и марганец природного происхождения, высокий уровень загрязнения которыми объясняется выносом реками окрашенных болотных, грунтовых и кислых вод с высоким содержанием данных компонентов. Высокие концентрации железа и марганца наблюдаются ежегодно во все фазы водного режима в реках: Ветлуга, Большая Кокшага, Малая Кокшага и др.
Источником загрязнения Чебоксарского и Куйбышевского водохранилищ, р. Ветлуги являются очистные сооружения предприятий и МПП ЖКХ Нижегородской области, МП ЖКХ г. Козьмодемьянска, г. Звенигово, работающие в ненормативном режиме, и предприятия всех отраслей промышленности, сбрасывающие на эти очистные сооружения сточные воды после локальных очистных сооружений.