На территории республики находятся 2 особо охраняемые природные территории (далее - ООПТ) федерального значения на площади 58,3 тыс. га (на 1 января 2011 г.) и 62 ООПТ республиканского значения (9 заказников, 53 памятника природы), из них на землях лесного фонда располагаются (частично или полностью) 58 ООПТ, в том числе 2 объекта федерального значения - государственный заповедник "Большая Кокшага" и национальный парк "Марий Чодра", остальные охраняемые территории - регионального значения: 9 заказников различного профиля, 47 памятников природы (табл. 4.2). Также региональное значение имеет ботанический сад ФБГОУ ВПО "Марийский государственный технический университет". Данные охраняемые территории очень разнообразны и представляют собой все экосистемы, существующие в Республике Марий Эл.
Меры по охране государственного природного заповедника "Большая Кокшага" и национального парка "Марий Чодра" предусмотрены непосредственно Федеральным законом "Об особо охраняемых природных территориях". На территориях государственных природных заказников и памятников природы режим охраны утверждается органами государственной власти Республики Марий Эл.
За последние годы наблюдается тенденция к уменьшению площадей ООПТ, за период с 2002 по 2007 год они сократились на 56,1 тыс. га - прекратили свое существование 4 заказника регионального значения, потеряли свой статус санаторно-курортные зоны озер Шап, Карась и Таир. Также нужно отметить, что на данный момент и в ближайшие годы увеличение площадей ООПТ не предвидится. Единственным изменением может стать создание биосферного резервата "Кугу Какшан" под охраной ЮНЕСКО на основе государственного природного заповедника "Большая Кокшага", которое планируется в ближайшие годы. Но биосферный резерват не подразумевает ограничение хозяйственного использования территории.
На настоящий момент составлены кадастры ООПТ, начинается их переинвентаризация и ликвидация несоответствий в определениях после изменения Лесного кодекса Российской Федерации и Водного кодекса Российской Федерации. К примеру, охранные зоны вокруг озер (в том числе и памятников природы) сейчас составляют всего 50 м вместо 200 м, охранной зоны болот нет вообще. Вся эта информация должна в подробностях достигнуть лесопользователей, которые должны с большой точностью соблюдать все ограничения и предписания по использованию ООПТ.