Буферные зоны защищают ключевые и транзитные территории от неблагоприятных антропогенных воздействий. В качестве буферных зон выделяются лесные массивы с щадящим режимом лесопользования, водораздельные возвышенности, сельские леса, продуктивные пастбища и луга.
Основная природоохранная роль экологического каркаса сводится к установлению индивидуальных режимов природопользования для определенных территорий в целях поддержания их экологического потенциала и сохранения ценных природных объектов. Регламенты природопользования устанавливаются в соответствии с Федеральным законом от 14 марта 1995 года N 33-ФЗ "Об особо охраняемых природных территориях", Водным кодексом Российской Федерации, Лесным кодексом Российской Федерации. Необходимо также принятие на уровне республики специальных регламентов по всем элементам экологического каркаса.