Основной объем грузов в республику перевозится в короткий навигационный период речным транспортом, доля которого в грузообороте в 2014 г. составила 41,9%. Наиболее серьезные проблемы сложились в транспортном обслуживании населения, проживающего в Арктической зоне, где связь традиционно осуществляется воздушным транспортом и вездеходной техникой. Высокая стоимость воздушных перевозок, отсутствие транспорта высокой проходимости является ограничивающим фактором социально-экономического развития.
По территории Республики Саха (Якутия) проходят три федеральные автодороги: "Лена" (Большой Невер - Томмот - Якутск), "Колыма" (Якутск - Магадан) и "Вилюй" (строящаяся от автомагистрали "Байкал" до Якутска) с протяженностью общего пользования 3,6 тыс. км. Протяженность сети автодорог общего пользования регионального и муниципального значения на территории республики составляет 23,3 тыс. км, из них с твердым покрытием - 8,0 тыс. км. Из общей протяженности дорог республиканского значения 9 тыс. км являются сезонными. В основу сети автомобильных дорог общего пользования регионального значения входят автодороги "Амга", "Кобяй", "Умнас", "Анабар", "Яна" и другие. В 2014 г. построено и реконструировано более 150 км дорог, отремонтировано 300 км.
За 2010 - 2014 г.г. флотом Ленского бассейна перевезено более 13,9 млн. грузов и более 1,2 млн. пассажиров, ежегодные объемы перевозки грузов составляют около 3,0 млн. т, пассажиров - более 200 тыс. чел. Осуществляется субсидирование социально значимых пассажирских перевозок по основным направлениям Ленского бассейна. Выполняются около 740 рейсов по 40 остановочным пунктам. Общий баланс флота, занятого на транзитных и местных перевозках, вспомогательных операциях, составляет 277 единиц общей грузоподъемностью 368,8 тыс. т.
Снижение объемов перевозок грузов железнодорожным транспортом на 16,1% связано с сокращением отгрузки угля (67,0% в структуре перевозок грузов) угледобывающими предприятиями республики, а также прекращением завоза строительных грузов в связи с завершением строительства пускового комплекса Томмот - Якутск (п. Нижний Бестях). По другим видам грузов произошло увеличение объемов перевозок: нефтепродукты - 48,4 тыс. т (на 20,2%), продовольствие - 13,8 тыс. т (на 24,2%), грузы в контейнерах - 20,9 тыс. т (на 14,0%). Снижение показателей пассажирских перевозок к уровню 2013 г. обусловлено завершением перевозок вахтовых рабочих, увеличением оттока пассажиров на воздушный транспорт, в связи со снижением стоимости авиабилетов за счет субсидирования из федерального бюджета авиаперевозок из г. Нерюнгри и Якутска, улучшением состояния автодороги М56 "Лена" (от Томмота по направлению до Алдана, Нерюнгри).
Несмотря на серьезные проблемы, транспортный комплекс в целом удовлетворяет спрос на перевозки грузов и пассажиров.