В водоемах Кемеровской области обитает 46 видов рыб, относящихся к 10 отрядам. Среди них наиболее разнообразны карпообразные (20 видов), лососеобразные (10 видов) и окунеобразные (5 видов), остальные отряды представлены 1 - 3 видами. Состав фауны по происхождению неоднороден и включает как местные, широко распространенные в Верхнеобском бассейне (28), так и акклиматизированные (18) виды рыб.
Среди акклиматизированных рыб имеются разные по распространению виды: европейские (европейская ряпушка, верховка, лещ, уклейка, судак), дальневосточные (пестрый и амурский толстолобики, белый амур, ротан-головешка и змееголов), североамериканские (веслонос, большеротый и черный буффало, канальный сомик, радужная форель), циркумполярные (трехиглая и девятииглая колюшка) и евразийско-дальневосточные (сазан) были завезены и выпущены в местные водоемы в основном во второй половине XX века. Основными местами выпуска и разведения рыб были Беловское водохранилище (окрестности г. Белово), пруды в окрестности п. Барачаты (Ленинск-Кузнецкий район, Скарюпинский рыбхоз), озеро Большой Берчикуль (Тисульский район), озеро-пруд Ата-Анай (Промышленновский район), водоемы-охладители Томь-Усинской ГРЭС (окрестности г. Мыски) и Западно-Сибирской ТЭЦ (г. Новокузнецк).
В большинстве озер и небольших прудах Кузнецкой котловины, лесостепи севера области и горных озерах видовой состав однообразен. В пойменных озерах и старицах рр. Томь, Кия, Иня и Кондома и запрудах основными фоновыми видами рыб являются караси, карп, верховка, щука и окунь, озерный гольян, изредка линь и ротан-головешка. В высокогорных каровых и моренно-подпрудных озерах Кузнецкого Алатау, как правило, рыба отсутствует. Лишь в некоторых, как например, озеро Рыбное (верховья реки Верхняя Терсь, гора Большой Каным) обитают хариус, речной гольян и голец-усач. Отсутствует рыба в бессточных небольших озерах степной и лесостепной части Кузнецкой котловины. Часть озер Кузнецкой котловины, где имелись прудовые хозяйства, была заселена карпом и карасями.
В наиболее крупных озерах Кемеровской области Ата-Анай и Большой Берчикуль видовой состав рыб своеобразен. Так, в слабопроточном и мелководном озере-пруде Ата-Анай фоновыми видами рыб являются серебряный карась и верховка, которые нетребовательны к содержанию кислорода в воде. В озере Большой Берчикуль, отличающемся более стабильными температурным и кислородным режимами, ихтиофауна богаче: окунь, ерш, щука, елец, плотва, язь, серебряный и золотой караси, линь. Сюда же выпускали карпа, леща, судака, пелядь, радужную форель, белого амура.
В прудах и крупных водохранилищах, например, Беловском, видовой состав определяется рыборазводными работами, которые проводились или проводятся там до сих пор. Как правило, в них обитают многие из акклиматизированных рыб, а также повсеместно карп и оба вида карасей, которых достаточно широко расселяли по всей территории Кемеровской области в 1970 - 1980 гг.
Особую группу в ихтиофауне Кемеровской области представляют 6 видов рыб, занесенных в Красную книгу Кемеровской области. Среди них к видам, находящимся под угрозой исчезновения (1-я категория), относятся осетр сибирский и тупорылый ленок, а к видам, сокращающимся в численности (2-я категория), - ручьевая минога, стерлядь, нельма и подкаменщик сибирский. Последний обитает только в реке Мрассу.