На территории области формируется четыре основных водных бассейна: р. Томь, р. Иня, р. Чулым, р. Чумыш. Реки горной части Кузбасса (средняя высота водосбора рек более 500 м) берут свое начало на склонах Кузнецкого Алатау и Горной Шории. Представляют собой типичные горные с быстрым течением и большой прозрачностью водотоки, с порожистым и сложенным валунами руслом. Они текут с юга на север. Долины их - узкие скальные ущелья, преимущественно ящикообразные, местами V-образные. Ширина долин в верховьях 0,2 - 0,6 км, в низовьях - до 9 км. Для многих долин характерно наличие пойм. Русла рек устойчивые, слабоизвилистые. На территории Кузнецкой котловины в низинном районе высота водосбора рек менее 500 м, реки приобретают типичный равнинный облик. Течение спокойное, большая извилистость русла, наличие островов, осередков. Поймы малых и средних рек нередко заболочены. Реки Томь и Иня - основные поверхностные источники водоснабжения Кемеровской области.
Густота речной сети колеблется от 0,45 км/кв. км (бассейны рек Чулым, Иня) до 0,09 км/кв. км (бассейн р. Томь). Разветвленная и протяженная речная сеть способствует горизонтальному расчленению рельефа, которое превышает 1 км/кв. км. Вследствие этого водораздельные увалы узкие, приводораздельные склоны имеют крутизну от 1 до 9. Вследствие особенностей рельефа, климата, геологических условий речная сеть развита не равномерно и делится на реки равнинного и горного типа. На водосборных площадях участков горных рек формируется основной сток поверхностных вод области.
Питание рек смешанное с преобладанием снегового в степной и лесостепной зонах, где оно составляет до 70 - 80% годового стока. В таежной зоне доля снегового питания снижается до 50% за счет увеличения доли дождевого и подземного стока. Питание рек идет в основном за счет весеннего снеготаяния и ледников Горного Алтая. На долю дождевого стока приходится около 20 - 30% от годового. В зимний период питание рек происходит только за счет подземных вод (около 10%).
Реки Кемеровской области относятся к рекам с весенним и весенне-летним половодьем и паводками в теплое время года. Основная доля стока (60 - 70%) приходится на период весеннего половодья (апрель - май). Вскрываются реки в конце второй - начале третьей декады апреля, весенний ледоход длится 5 - 10 дней. На малых реках ледоход часто отсутствует. Амплитуда колебания уровня на разных реках от 1 до 8 м. Летне-осенние дождевые паводки с амплитудой колебания уровня обычно 1 - 2 м, реже - больше.