Контроль за целевым использованием субсидий осуществляют Минобразования Чувашии, Минфин Чувашии, а также иные органы государственного финансового контроля в соответствии с законодательством Российской Федерации и законодательством Чувашской Республики.
В случае установления фактов нецелевого использования указанных субсидий, нарушения условий предоставления субсидий данные субсидии подлежат возврату в республиканский бюджет Чувашской Республики в порядке, установленном законодательством Российской Федерации и законодательством Чувашской Республики.