Очертаниями озеро напоминает куриную лапу, от среднего "пальца" которой тянется V-образный отросток. Заболоченные участки и отсыпные дороги разделяют озеро на несколько частей. Северный берег заболоченный, вдоль него тянется гряда сопок. Береговая линия слабо изрезана.
Промеры температур на озере Ротанье проводились 28 июня 2011 года. Средняя температура на поверхности озера +22 °С, средняя температура на глубине 90 см +22 °С. Проба воды, взятая в водоеме в спокойном состоянии, прозрачная, но при небольшом волнении водных масс со дна поднимается большое количество взвешенных частиц, в данном случае проба воды мутноватая. Это говорит о сильном заиливании озера. Озеро пополняется, но очень слабо, что объясняется интенсивным строительством в окрестностях озера, изменяющим естественный режим водотоков и подземных вод. Зимой озеро промерзает до дна. Уровень воды значительно колеблется в весенний и осенний периоды. Источники питания озера: родники, грунтовые воды, талые снеговые воды, дожди.
Прилегающую территорию занимают дубняки (чистые и смешанные), березняки, осинники и фрагменты пойменных лесов. Прибрежная зона занята зарослями осоки и камыша, пушицы, присутствует сабельник болотный, зюзники, мытник крупноцветковый, калужница болотная. Из водных растений в озере были обнаружены 16 видов, относящихся к 11 родам и 10 семействам. Особый интерес представляет находка небольших зарослей Potamogeton pectinatus на прибойном участке мелководья в плодоносящем состоянии, ранее данное растение в Амурской области не отмечалось. В пределах озера единично отмечены 2 вида редких охраняемых водных растений - Nymphaea tetragona и Trapa natans s.l., последний вид включен, помимо Красной книги Амурской области, в Красную книгу Российской Федерации