Основными задачами окружного фонда являются:
1. Обеспечение реализации Закона Российской Федерации "О медицинском страховании граждан в Российской Федерации" в Ненецком автономном округе.
2. Обеспечение предусмотренных законодательством Российской Федерации прав граждан в системе обязательного медицинского страхования.
3. Обеспечение всеобщности обязательного медицинского страхования граждан.
4. Достижение социальной справедливости и равенства всех граждан в системе обязательного медицинского страхования.
5. Обеспечение финансовой устойчивости системы обязательного медицинского страхования.