На острове Ваганиха находится одна из самых крупных на территории Европейского Севера колония серых цапель. В колонии насчитывается до 150 пар серых цапель. На деревьях они устраивают конусообразной формы гнезда, в которых выводят птенцов.
Помимо колонии цапель на острове встречаются многочисленные гнездовья утки-гоголя, тетеревиные тока, кормовые участки и места отела лосей.
В восточной части острова преобладают средневозрастные и приспевающие сосновые леса, в западной части - закустаренные и переувлажненные луга.