Граница государственного природного заказника совпадает с границами острова Ваганиха.
Карта-схема лесной квартальной сети в границах комплексного (ландшафтного) государственного природного заказника "Ваганиха" в Череповецком районе Вологодской области приведена в приложении к настоящему Положению.
Координаты центральной точки государственного природного заказника: 59°6'9.57" северной широты, 37°45'8.25" восточной долготы.