Территория представляет собой уникальный природный комплекс, объединяющий лесную, болотную, речную, луговую, озерную экосистемы.
Лесные экосистемы представлены сосняками лишайниковыми 100 - 180 лет, редкими видами лишайников и травянистых растений. Это один их немногих сохранившихся массивов естественных старовозрастных малонарушенных лесов.
Болотные экосистемы представлены болотами Похта, Шунжебойское, а также заболоченными участками вдоль побережья озера Белого и береговой линии рек. Основные болотные фитоценозы представлены переходными типами (пушицево-сфагновый и сфагновый) и низинными типами (сфагновый, тростниковый и осоковый).
Речная экосистема представлена реками Мегрой (нижнее течение), Соркой, Кустовкой, Мондомой (среднее и нижнее течение).
Луговая экосистема представлена участками зарастающих лугов устья Мегры и другими открытыми участками вдоль береговой линии рек и озера Белого.
На территории государственного природного заказника 6 видов травянистых растений, занесенных в Красную книгу Вологодской области: баранец обыкновенный, осока ложносытевидная, камыш укореняющийся, ладьян трехнадрезный, латук сибирский, пузырчатка средняя. Кроме этого, 13 видов редких и подлежащих охране травянистых растений.
Данная территория является ключевой орнитологической территорией международного значения. Здесь обнаружены гнезда орлана-белохвоста и скопы - видов, занесенных в Красную книгу Российской Федерации и Красную книгу Вологодской области. Зафиксированы пролеты беркута.
В состав фауны входят: лось, бурундук, глухарь, рябчик, мохноногий сыч, клест-еловик, снегирь, кукушка, бурый медведь, живородящая ящерица, обыкновенная гадюка, белка, лиса, горностай, ласка, лесная куница, норка, иволга, зяблик, черный дрозд, ящерица-веретеница, заяц-беляк, белая сова, мохнатый канюк.
Уникальное сочетание высокопродуктивных мелководий и побережий богатого рыбой водоема, обширных верховых болот и естественных старовозрастных лесов при низкой плотности населения и минимальной антропогенной нагрузке на эту территорию способствуют увеличению численности орлана-белохвоста, скопы и беркута.