Большая часть государственного природного заказника представляет собой волнистую равнину со слабым наклоном в сторону реки Сельменьги. Основным фактором, обусловившим формирование современного рельефа государственного природного заказника, явилась аккумулятивная деятельность ледника. В результате коренные пермские породы, представленные доломитизированными и песчаными мергелями, переслаивающимися с известняками и глинами, оказались перекрытыми толщей суглинистой морены мощностью от 6 до 30 метров.
Растительность государственного природного заказника представлена лесными группировками: около 60% площади занимают хвойные (господствуют ельники), 40% - мелколиственные леса. В ельниках выделены три группы ассоциаций: зеленомошная, зеленомошно-сфагновая и сфагновая. Леса в границах государственного природного заказника имеют научное значение.
Флора государственного природного заказника насчитывает более 100 видов высших растений. На его территории произрастает семь видов редких растений: жимолость Палласа, волчеягодник, плаун колючий, щитовник мужской, буковник обыкновенный, пальчатокоренник пятнистый и медуница темная. Три вида растений занесены в Красную книгу Вологодской области: пихта сибирская, малина хмелелистная и лобария легочная, занесенная также в Красную книгу Российской Федерации.
Наземная фауна типична для таежных лесов области. В государственном природном заказнике обычен лось, заяц-беляк, благоприятны условия для кабана. На реке Сельменьге селятся бобры.