В декабре 2005 года Совет директоров ОАО РАО "ЕЭС России" принял решение по проекту реформирования ОАО "Алтайэнерго" и формированию Территориальной генерирующей компании N 12 (ТГК-12). В 2006 году в рамках реформирования электроэнергетики был образован Барнаульский филиал ОАО "Кузбассэнерго" (ТГК-12). Три Барнаульские ТЭЦ, Барнаульская теплоцентраль и Бийские тепловые сети были переданы в ОАО "Кузбассэнерго". Часть электрических сетей Алтайской энергосистемы - магистральные электрические сети напряжением 220 кВ и выше - были переданы в федеральную сетевую компанию (ОАО "ФСК ЕЭС") как составляющие элементы Единой национальной электрической сети России. Номинально эти сети вошли в состав филиала ОАО "ФСК ЕЭС" - Магистральные электрические сети Сибири. После выделения из ОАО "Алтайэнерго" генерирующих активов и магистральных электрических сетей оно стало играть роль региональной распределительной сетевой компании и вошло в состав ОАО "Межрегиональной распределительной сетевой компании Сибири" (филиал ОАО "МРСК Сибири" - "Алтайэнерго"). Целью реформирования распределительного сетевого комплекса Российской Федерации является создание единых операционных межрегиональных распределительных сетевых компаний, которые будут обладать большей инвестиционной привлекательностью, финансовой и технологической надежностью.
Осуществлена передача функций оперативно-диспетчерского управления от регионального диспетчерского управления ОАО "Алтайэнерго" в филиал ОАО "СО ЕЭС" - Алтайское РДУ. Для сбытовых функций 06.07.2006 было сформировано ОАО "Алтайэнергосбыт". Основными целями его создания были: обеспечение прозрачности структуры тарифа на электрическую и тепловую энергию, прекращение перекрестного субсидирования. Кроме того, снабжение коммунальных потребителей электроэнергией в городах и районах края осуществляет АКГУП КЭС "Алтайкрайэнерго".
Реформа изменила структуру отрасли: осуществлено разделение естественно монопольных и потенциально конкурентных видов деятельности, и вместо прежних вертикально интегрированных компаний, выполнявших все эти функции, созданы структуры, специализирующиеся на отдельных видах деятельности. Генерирующие, сбытовые и ремонтные компании в ходе реформы стали преимущественно частными, и будут конкурировать друг с другом. В сфере деятельности естественных монополий, напротив, происходит усиление государственного контроля.
Структурные преобразования создали задел для запуска системы рынков. Сердцевина ее - это оптовый рынок электроэнергии. Он функционирует с 1 сентября 2006 года. В дальнейшем будут запущены минимум 4 вида рынков. Это рынки мощности, системных услуг и производных финансовых инструментов, а также розничные рынки.
После реформирования электроэнергетику Алтайского края представляют следующие предприятия и компании:
генерация электроэнергии - Барнаульский филиал ОАО "Кузбассэнерго" (Барнаульские ТЭЦ-1, ТЭЦ-2, ТЭЦ-3); ООО "Бийскэнерго" (Бийская ТЭЦ-1); ООО "Рубцовская ТЭЦ"; ТЭЦ ОАО "Алтай-Кокс"; ТЭЦ ОАО "Кучуксульфат"; ТЭЦ ОАО "Алтайские гербициды"; ТЭЦ ЗАО "Бийский сахарный завод"; ТЭЦ ОАО "Черемновский сахарный завод"; ТЭЦ ООО "Сибирский сахар"; ГТ ТЭЦ-1 ОАО "ГТ-ТЭЦ Энерго";
передача электроэнергии - филиал ОАО "ФСК ЕЭС" - Западно-Сибирское предприятие магистральных электрических сетей (ЗСП МЭС); филиал ОАО "МРСК Сибири" - "Алтайэнерго"; АКГУП КЭС "Алтайкрайэнерго"; ОАО "Барнаульская горэлектросеть"; МУП "Заринская городская электрическая сеть"; электрические сети Алтайской железной дороги и других ведомств;
диспетчерское управление - филиал ОАО "СО ЕЭС" - Алтайское РДУ;
сбыт электроэнергии - ОАО "Алтайэнергосбыт";
гарантирующие поставщики электроэнергии - ОАО "Барнаульская горэлектросеть"; АКГУП КЭС "Алтайкрайэнерго"; МУП КЭС "Заринская городская электрическая сеть"; ОАО "Алтайэнергосбыт".