Управление исполнения Программы осуществляется Главным управлением здравоохранения администрации области. Главное управление здравоохранения администрации Воронежской области, как государственный заказчик Программы совместно с Главным экономическим управлением и Главным финансовым управлением области и другими заинтересованными органами исполнительной власти осуществляют контроль за ее выполнением.
Ежегодно на заседаниях межведомственных комиссий администрации области и коллегии Главного управления здравоохранения администрации области рассматриваются вопросы о ходе реализации программных мероприятий и об эффективном использовании финансовых средств.
Информация о ходе реализации Программы и об использовании средств бюджетов всех уровней и внебюджетных источников предусматриваются в установленном порядке.