Ответственным за реализацию Программы является государственный заказчик Программы - Главное управление здравоохранения администрации области. Основными исполнителями Программы являются Главное финансовое управление администрации области, местные органы исполнительной власти и организации (по вопросам, отнесенным к их компетенции) с участием органов исполнительной власти.
Реализация Программы осуществляется на основе государственных договоров, заключаемых Главным управлением здравоохранения с исполнителями программных мероприятий. Главное управление здравоохранения администрации области обеспечивает в ходе реализации Программы координацию деятельности основных исполнителей, контролирует целенаправленное и эффективное использование выделенных денежных средств и выполнение намеченных мероприятий, формирует совместно с исполнителями Программы сводную бюджетную заявку, предусматривая в ней ассигнования на поэтапную реализацию мероприятий Программы и ежегодно представляет ее в Главное экономическое, Главное финансовое управления администрации Воронежской области, Министерство здравоохранения РФ для отчета и формирования проектов годовых прогнозов социально-экономического развития Воронежской области, принимает возможные меры по полному финансированию Программы.