Основными задачами Службы являются:
2.1. Ликвидация медико-санитарных последствий ЧС природного и техногенного характера, в том числе локальных вооруженных конфликтов и террористических актов.
2.2. Координация и руководство медицинскими силами и средствами, участвующими в ликвидации медико-санитарных последствий ЧС.
2.3. Обеспечение готовности органов управления, системы связи и оповещения формирований и учреждений здравоохранения к действиям в ЧС.
2.4. Прогнозирование и оценка медико-санитарных последствий стихийных бедствий, аварий и катастроф.
2.5. Сбор, обработка, обмен и предоставление информации медико-санитарного характера в области защиты населения и территорий.
2.6. Разработка научно-методических принципов деятельности Службы.
2.7. Разработка, внедрение и совершенствование методов и средств оказания медицинской помощи, лечения пораженных при ЧС.
2.8. Совершенствование организационной структуры Службы и системы медико-санитарного обеспечения населения при возникновении ЧС.
2.9. Создание, при участии заинтересованных учреждений, министерств и ведомств, системы управления Службы, поддержание ее в постоянной готовности.
2.10. Разработка методических рекомендаций и участие в подготовке населения и спасателей к оказанию первой помощи при ЧС и террористических актах.
2.11. Координация подготовки, повышения квалификации и аттестации специалистов Службы.
2.12. Создание и рациональное использование резервов медицинского, санитарно-хозяйственного и специального имущества для Службы, организация его хранения и обновления (освежения), обеспечение экстренных поставок недостающих лекарственных средств для ликвидации последствий ЧС.
2.13. Участие в осуществлении государственной экспертизы, надзора и контроля в области защиты населения и территорий в условиях ЧС.
2.14. Международное сотрудничество в области медицины катастроф.