Экономика города, несмотря на происходящие изменения, остается ориентированной на реализацию сырья или продукции низкой степени переработки. Износ производственной инфраструктуры усугубляется монопрофильной структурой экономики, подавляющая часть инвестиций в которой ориентирована на добывающие производства.
Более высокие издержки производства обусловлены причинами природно-географического характера: необходимостью поставок материалов, компонентов, машин и оборудования с материковой части России, а также тарифами на электроэнергию, которые остаются одними из самых высоких в стране. Сохранение тенденций к росту тарифов на электро- и теплоэнергию для населения и предприятий приведет к ухудшению социальной обстановки и снижению конкурентоспособности промышленного комплекса города Южно-Сахалинска.