Участие в федеральных и региональных целевых программах позволяет привлечь дополнительные финансовые ресурсы из федерального и областного бюджетов для решения важнейших проблем социально-экономического развития городского округа "Город Южно-Сахалинск".
Городской округ принимает участие в реализации следующих федеральных целевых программ:
- "Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период до 2013 года";
- "Сейсмобезопасность территории России" (2002 - 2010 годы);
- "Модернизация транспортной системы России (2002 - 2010 годы)";
- "Жилище" на 2002 - 2010 годы;
- "Дети России" на 2003 - 2006 годы;
- "Экология и природные ресурсы России (2002 - 2010 годы)";
- "Сохранение и восстановление плодородия почв земель сельхозназначения и агроландшафтов как национального достояния России на 2006 - 2010 годы";
- "Создание автоматизированной системы ведения государственного земельного кадастра и государственного учета объектов недвижимости (2002 - 2007 годы)".
Областных целевых программ:
- областная целевая программа "Дети Сахалина" на 2007 - 2010 годы;
- областная целевая программа "Охрана материнства и детства на 2007 - 2010 годы";
- областная целевая программа "Социальная поддержка малоимущих граждан в Сахалинской области на 2008 - 2010 годы";
- программа содействия занятости населения Сахалинской области на 2007 - 2009 годы;
- областная целевая программа "Пожарная безопасность образовательных учреждений на 2006 - 2008 годы";
- областная целевая программа "Переселение граждан, проживающих в Сахалинской области, из ветхого и аварийного жилищного фонда в 2005 - 2015 годах";
- областная целевая программа "Развитие массового жилищного строительства в Сахалинской области на 2006 - 2010 годы и на период до 2015 года";
- областная программа "Поддержка сельскохозяйственного производства в Сахалинской области на 2007 - 2009 годы";
- программа "Развитие и совершенствование автомобильных дорог общего пользования Сахалинской области до 2010 года";
- программа "Электронный Сахалин на 2008 - 2011 годы";
- областная целевая программа "Обеспечение населения Сахалинской области питьевой водой на 2007 - 2009 годы";
- областная целевая программа "Развитие рыбохозяйственного комплекса Сахалинской области на 2009 - 2011 годы";
- областная целевая программа "Развитие сельского хозяйства и регулирование рынков сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия Сахалинской области на 2008 - 2012 годы".