Общий контроль за ходом реализации программы осуществляет государственный заказчик - управление сельского хозяйства правительства области. Управление сельского хозяйства правительства области ежеквартально представляет в управление экономики правительства области отчет о выполнении мероприятий и целесообразности расходования бюджетных средств.
Ежегодно управление сельского хозяйства правительства области представляет правительству области отчет о результатах реализации программы и об эффективности использования бюджетных средств.