К основным полномочиям Совета относятся:
2.1. Разработка и внесение в установленном порядке предложений по организации и регулированию промышленного, любительского и спортивного рыболовства в пресноводных водных объектах Еврейской автономной области.
2.2. Подготовка предложений по распределению объемов добычи (вылова) водных биоресурсов.
2.3. Подготовка предложений по изменению или досрочному расторжению с пользователями, нарушающими договоры о закреплении долей квот добычи (вылова) водных биоресурсов, договоров о предоставлении рыбопромыслового участка и договоров пользования водными биоресурсами, отнесенными к объектам рыболовства.
2.4. Участие в разработке текущих и перспективных планов и целевых программ развития рыбного хозяйства в Еврейской автономной области.
2.5. Координация деятельности организаций рыбной отрасли (добывающих, обрабатывающих, научных, рыбоохранных, природоохранных, общественных).
2.6. Внесение в соответствующие органы исполнительной власти Еврейской автономной области предложений по вопросу формирования перечня рыбопромысловых участков для осуществления пользования водными биоресурсами.
2.7. Внесение в соответствующие органы исполнительной власти Еврейской автономной области предложений по организации охраны водных биоресурсов.
2.8. Рассмотрение вопросов осуществления селекционно-племенной работы, рыбоводно-мелиоративных работ в Еврейской автономной области.
2.9. Иные полномочия в соответствии с действующим законодательством.