Контроль за реализацией программы осуществляет государственный заказчик программы - информационно-аналитическое управление правительства Еврейской автономной области. Государственный заказчик программы контролирует качество и своевременность выполнения намеченных мероприятий, целевое и эффективное использование бюджетных средств, выделенных по программе. При необходимости государственный заказчик программы вносит в установленном порядке предложения о корректировке программы.
Информационно-аналитическое управление правительства Еврейской автономной области представляет в управление экономики правительства Еврейской автономной области ежеквартальные отчеты о ходе и результатах реализации программы, и об эффективности использования бюджетных средств и в правительство области - итоговый отчет о реализации программы.