Загрязнение почв возникает вследствие складирования промышленных и твердых бытовых отходов, применения ядохимикатов и из-за загрязнения воздуха на промышленных территориях. В течение года на предприятиях Вологодской области образуются более 10 млн. тонн промышленных отходов, в том числе более 6 млн. тонн отходов I - IV класса токсичности, из них более 250 тысяч тонн отходов I - II класса токсичности. Объем твердых бытовых отходов составил 1673 тысячи куб. метров. От деятельности предприятий на территории области скопилось около 108 млн. тонн различных отходов, в том числе I - IV класса токсичности, содержащих химические вещества более 100 наименований. Из всего объема промышленных отходов утилизируется около половины. Более 4 млн. тонн промышленных отходов размещено в накопителях, отвалах, на свалках твердых бытовых отходов, часть токсичных отходов накапливается на территории предприятий. Объекты для размещения отходов не отвечают санитарным требованиям, отсутствует система наблюдения за поступлением загрязняющих веществ в окружающую среду.
Весь объем твердых бытовых отходов вывозится для сохранения на свалки, которые представляют собой опасность для окружающей среды и здоровья населения, так как эксплуатируются с нарушением санитарно-гигиенических требований, кроме того, на территории области существует 140 несанкционированных свалок.
Указанные причины приводят к загрязнению почв, подземных водоносных горизонтов и атмосферного воздуха. Более 16.3 процента проб почвы селитебной зоны имеют превышения уровня предельно допустимого коэффициента по содержанию тяжелых металлов, 30.6 процента не соответствуют требованиям по микробиологическим показателям, 5.6 процента - по гельминтам.
Из разработанных 19 проектов полигонов по утилизации твердых бытовых отходов ни один не реализован из-за отсутствия финансирования.