Реализация мероприятия осложняется присутствием рисков, которые заключаются в возможном неприятии намеченных планов со стороны трудовых коллективов бюджетных учреждений, их руководителей и отраслевых ведомств. Трудовые коллективы может обеспокоить возможность изменения социального статуса (вероятность сокращений или перемещений на более низкие должности при реорганизации, вероятность изменения условий оплаты труда, увеличения нагрузки и ужесточения требований к результатам работы и другие обстоятельства). Опасения отдельных руководителей бюджетных учреждений может вызвать возможность неполучения аналогичной должности в новой негосударственной организации. Беспокойство отраслевых ведомств связывается, прежде всего, с возможной утратой тотального контроля над процессом оказания бюджетных услуг и возможностью возникновения проблем с предоставлением отдельных видов услуг по причине переориентации деятельности организаций исполнителей на более привлекательные в коммерческом отношении направления деятельности.
Снижению уровня рисков будет способствовать обеспечение тщательного контроля за соблюдением негосударственными организациями и в автономных учреждениях прав работников, определенных действующим законодательством, со стороны соответствующих компетентных органов и профсоюзов. Необходимо повысить уровень ответственности руководителей бюджетных организаций за конечный результат, что позволит провести ротацию руководящих кадров в бюджетной сфере и снизит ее привлекательность для неэффективных администраторов. На снижение рисков утраты контроля за оказанием услуг повлияет тщательная проработка контрактной и конкурсной документации, условий договоров на предоставление исполнителям государственных услуг.