Основные направления развития инновационного комплекса ЮВЗ ориентированы на федеральную и региональную инновационную политику и определяют наиболее перспективные проекты для реализации с учетом зональной специфики.
Ключевыми направлениями развития инновационной системы края, которые должны реализовываться в ЮВЗ, являются:
дальнейшая переориентация существующей инновационной системы в направлении поддержки существующих и новых проектов инновационных кластеров, а также формирование условий для их эффективного развития;
развитие новых отраслевых сегментов промышленного комплекса (био- и наноиндустрии), расширение инфраструктуры за счет новых элементов в соответствии с потребностями высокотехнологичного бизнеса (инжиниринговые центры, индустриальные и технологические парки, центры прототипирования);
наращивание инновационной активности в традиционных сферах экономики с целью общего повышения их эффективности, снижения энергоемкости, перехода на современные технологии и виды сырья, в первую очередь в сельском хозяйстве, жилищно-коммунальном и топливно-энергетическом комплексе, строительстве;
преодоление структурных диспропорций в развитии инновационной составляющей технологической и социальной сфер, создание условий для развития специфического института социального предпринимательства, поощрение внедрения новаторских технологий в различных сферах жизнедеятельности;
развитие образовательного сегмента региональной инновационной системы, расширение масштабов программ обучения инновационному предпринимательству и технологическому менеджменту в системе высшего и дополнительного образования, в том числе целевой подготовки специалистов для реализации инновационных проектов;
расширение существующей практики финансирования инновационных проектов в различных формах; оптимизация инструментов поддержки инновационной деятельности, повышение уровня системности их применения; достройка механизма "инновационного лифта", в том числе за счет активизации взаимодействия с институтами развития, созданными на федеральном уровне;
совершенствование государственно-частного партнерства в инновационной сфере, в том числе взаимодействие с банками, страховыми, консалтинговыми компаниями, предприятиями и организациями всех форм собственности;
развитие и стимулирование потребительского спроса на инновационную продукцию, в том числе через государственные и муниципальные закупки;
переход от практики поддержки отдельных организационно-имиджевых мероприятий (форумов, конференций, обучающих и консультационно-методических мероприятий, конкурсов, выставок и ярмарок) инновационной тематики к созданию целостной системы коммуникаций как единого механизма взаимодействия участников инновационной деятельности;
развитие межрегионального взаимодействия, использование лучших практик региональных инновационных систем; обеспечение открытости инновационной системы, дальнейшая ее интеграция в общероссийские и мировые процессы создания и использования нововведений;
повышение заинтересованности инновационно активных организаций в достоверном и качественном отражении инновационных процессов в статистической информации, создание единых методологических подходов к проблемам совершенствования статистического инструментария для оценки инновационных процессов;
усиление координации органов исполнительной власти Алтайского края и органов местного самоуправления при решении вопросов инновационного развития;
создание интегрированной информационной системы мониторинга инновационных процессов.