Валовый выпуск экономики ЮВЗ составляет 18% от общекраевого. При этом участие предприятий ЮВЗ в производстве ВРП Алтайского края находится на более низком уровне и оценивается в 15%. Данное явление вызвано несбалансированностью структуры экономики зоны с преимущественной долей низкорентабельных отраслей сельского хозяйства и промышленности при недостаточно развитом потребительском рынке.
Структура экономики ЮВЗ указывает на незначительное развитие цепочек добавленной стоимости в агропромышленном комплексе. Сельское хозяйство формирует порядка 17% экономики ЮВЗ, промышленность - 33%, торговля и услуги - 48%, строительство - 2%. В большинстве муниципальных образований около половины всего экономического оборота формируется сельским хозяйством, при этом сельскохозяйственное сырье зачастую перерабатывается на территории других муниципальных образований, не создавая значимого уровня добавленной стоимости в собственном районе. Это свидетельствует о несбалансированном расположении перерабатывающих и иных мощностей среди муниципальных образований.